La recherche scientifique et technologique constitue l'un des volets privilégiés soutenus par la Commission permanente de coopération franco-québécoise (CPCFQ). La CPCFQ est chargée d'élaborer et de mettre en œuvre une programmation biennale d'activités de coopération, en fonction des priorités définies par les gouvernements français et québécois. Ceux-ci veulent encourager de nouveaux projets dont les caractéristiques nécessitent la coopération entre les équipes partenaires. Le programme Samuel de Champlain soutient la mobilité internationale de chercheurs et d'étudiants participant à des projets de recherche franco-québécois.
La CPCFQ a identifié 5 thèmes prioritaires. Ces thèmes sont principalement ceux du symposium sur les créneaux d'excellence québécois et les pôles de compétitivité français du mois de mai 2008 (http://www.mdeie.gouv.qc.ca/symposium2008) :
Le soutien est un financement d'appoint accordé pour favoriser cette coopération et il ne doit pas se substituer au soutien à la recherche elle-même qui doit être assuré par les moyens propres des équipes partenaires ou par d'autres sources.
Après vérification de l'admissibilité des projets, ceux-ci seront soumis à une expertise scientifique menée parallèlement en France et au Québec. Les instances de chaque pays se réuniront ensuite pour décider conjointement du soutien à accorder aux projets retenus. Enfin, la Commission permanente de coopération franco-québécoise procédera à la sélection finale des projets.
Les dossiers complets doivent être adressés au Consulat de France pour l'équipe française et au ministère des Relations internationales du Québec pour l'équipe québécoise, pour le 1 er novembre.
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