La ministre a ainsi rappelé que la loi réaffirme la place du recteur comme garant du respect des règles et lui donne la responsabilité du contrôle de légalité sur tous les actes de l'université, avec l'obligation de produire un rapport annuel. Le contrôle exercé devra porter sur l'équilibre du budget, et sa sincérité. En cas de risque manifeste de déséquilibre immédiat ou à moyen terme, les recteurs pourront refuser d'approuver le budget.

Comme la loi sur l'autonomie les y autorise, les recteurs pourront s'appuyer sur l'expertise et les compétences des trésoriers-payeurs généraux (TPG). Les recteurs et les TPG pourront conclure des conventions de partenariat, précisant les conditions de leur coopération. Afin de les accompagner dans cette démarche, une convention cadre leur sera proposée par le ministère.
 
Enfin, la ministre a demandé aux recteurs, et aux TPG de faire preuve de la plus grande vigilance pour faire en sorte que ces 20 universités pionnières réussissent leur passage à l'autonomie dans les meilleures conditions possibles.