60 % au moins des axes stratégiques pour les DOM et 70% au moins pour les régions métropolitaines et la Corse doivent s'inscrire dans la stratégie de Lisbonne- ou "earmarking". Les régions du nord de l'Europe, par exemple le Danemark, ont un taux de 70 % de fléchage de leurs axes stratégiques sur les objectifs de Lisbonne. Les régions européennes sont également en concurrence entre elles comme le montre le tableau de bord de l'innovation des régions (European Innovation Scoreboard) suivant une batterie d'indicateurs de l'innovation que les acteurs régionaux eux-mêmes sont invités à construire dans leur programme opérationnel.

Pour atteindre ces objectifs, les programmes opérationnels (P.O.), programmes de travai" de cette politique européenne au niveau de chaque région, doivent s'appuyer sur un diagnostic territorial partagé par les différents décideurs régionaux et décliner la stratégie mise en place grâce aux fonds européens (FEDER principalement pour la recherche, l'éducation et l'innovation) et aux contreparties nationales publiques (Etat, régions et collectivités) et privées. L'articulation avec l'échelon national se fait au travers du Cadre de Référence Stratégique National (C.S.R.N.), en quelque sorte le Programme Opérationnel National présenté par chaque Etat membre et approuvé par la Commission. Le C.S.R.N. et les Orientations Stratégiques Communautaires sont les documents de base des P.O. régionaux.

Répartion des objectifs de la politique de cohésion en France pour la période 2007-2013

  
La contribution des fonds structurels à la recherche et à l'innovation au cours de la période de programmation précédente (2000-2006) a été très modeste pour la France. Désormais, le suivi et l'évaluation de l'efficacité et de l'efficience de ces fonds pour répondre aux objectifs de Lisbonne et de Göteborg sont très exigeants et nécessitent de la part de la gouvernance nationale et régionale une implication plus forte.

Les engagements de l'Etat et des collectivités locales inscrits dans les C.P.E.R. peuvent être utilisés comme contrepartie nationale pour mobiliser les fonds structurels. La synchronisation entre les deux exercices de programmation sur la période 2007-2013 a d'ailleurs été décidée pour cela. Selon les régions et les opérations, la contribution des fonds pourrait aller jusqu'à 50 % du coût des opérations inscrites, parfois au-delà pour l'outre-mer.

On peut estimer actuellement, à partir d'une enquête réalisée auprès des D.R.R.T. et à partir de la lecture des programmes opérationnels que le  taux d'earmarking des fonds FEDER des régions françaises est d'environ 72 % pour la période 2007-2013. Ce taux, en moyenne satisfaisant est susceptible d'évoluer suivant les mesures correctives issues des schémas régionaux d'innovation et des études visant à faire correspondre les stratégies régionales d'innovation aux diagnostics territoriaux dans le délai des deux ans supplémentaires octroyés par la Commission aux régions françaises à partir de 2007.

Croissance, Compétitivité et Emploi

Le premier objectif "Croissance, Compétitivité et Emploi" représente 72 % des fonds de cohésion en France. Leur efficacité sera suivie et régulièrement mesurée.

Convergence

L'objectif de Convergence, le second par son importance, doit permettre de prendre en compte la  spécificité des régions ultra périphériques et des collectivités outre-mer françaises. Les 4 DOM français sont ainsi les seuls à en bénéficier pour un montant de plus de 3 milliards d'€ courants, sans compter les crédits du Fonds Européen de la Pêche (34 millions d'euros sur la période) et le Fonds de développement rural FEADER (631 millions d'euros).

Coopération territoriale européenne

Renforcer la coopération territoriale européenne afin d'accompagner le développement territorial intégré et durable de l'Espace Européen de la Recherche constitue le troisième objectif, soit 2,5 % de l'enveloppe communautaire. Pour la France, il représente environ 6 %. La coopération territoriale se décline en trois volets :

• La coopération transfrontalière le long des frontières maritimes et terrestre de l'Europe, par exemple Rhin supérieur
• La coopération transnationale pour développer des projets stratégiques sur de grands espaces contigus tels que l'Europe du Nord ouest, l'Europe du Sud ouest ;
• La coopération interrégionale  pour permettre aux régions de coopérer en réseau et d'échanger leurs meilleurs pratiques. Ce dernier point n'est pas marqué d'une volonté d'earmarking.