Depuis 4 ans une mutation profonde du paysage universitaire a été engagée et l’ensemble des universités seront autonomes en 2012. Les universités autonomes ont été particulièrement accompagnées financièrement. Elles ont utilisé avec dynamisme ces marges, au bénéfice de leurs personnels et de leurs étudiants.

La très grande majorité des établissements est en bonne santé financière. 8 établissements sur 83 constatent cependant deux déficits de fonctionnement consécutifs, ce qui amène les recteurs à arrêter le budget conformément à l’article 56 du décret du 27 juin 2008. Les raisons de ces déficits sont souvent techniques (régularisations comptables demandées par les commissaires aux comptes). Dans certains cas, la gestion et la situation financière des établissements méritent d’être regardées attentivement.

Pour renforcer l’expertise de ces situations, le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et la Conférence des présidents d’université ont décidé de créer une nouvelle modalité de dialogue avec la mise en place d’un "comité des pairs". Pour les universités qui le souhaitent, des réunions spécifiques seront organisées. Elles associeront l’université, le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, le recteur concerné ainsi que deux anciens présidents d’université, reconnus pour leurs compétences en matière de gestion, Claude Jameux et Bernard Dizambourg. La présence de ces "pairs" permettra de porter un regard approfondi et connaisseur sur ces situations et de contribuer à des pistes d’amélioration de leur situation. Ces réunions pourront aussi enrichir plus largement l’analyse budgétaire de ce secteur.

Le très grand effort de réforme universitaire a été accompagné par d’importants moyens supplémentaires :

• Un transfert de la masse salariale (bonus indemnitaire de 10% notamment pour faire vivre une gestion des ressources humaines dynamique) qui  assure des marges de manœuvre pour chaque université ;
• Un financement intégral des mesures de point fonction publique ou de pensions ;
• Un abondement supplémentaire de 14,5 millions d'euros fin 2011 sur la question du vieillissement des personnel (glissement vieillesse technicité), qui couvre aussi bien des mesures techniques que des décisions prises par les universités, dans un contexte budgétaire national pourtant très contraint.

La Conférence des présidents d’université a exprimé clairement le souhait de ne pas reprendre en 2011 aux universités disposant d’un G.V.T. négatif les marges dont elles disposent, car cette perspective n’avait pas été anticipée. Le ministère a répondu favorablement  à cette demande.
Ce surcroit de financement sera consolidé en 2012, ce qui a pour conséquence de permettre aux établissements concernés de construire leur budget primitif dans de bonnes conditions.
Pour celles qui ont actuellement des marges de manœuvre en raison d’un G.V.T. négatif, les crédits correspondant seront gelés à titre conservatoire dans les universités concernées dans l’attente d’un dialogue avec chacune d’entre elle, et d’une bonne vision de leur situation en 2012.
Plus largement, le ministère et la Conférence des présidents d’université engagent très rapidement un dialogue sur le financement à moyen terme des questions d’évolution de masse salariale.