La loi du 10 août 2007 sur l'autonomie des universités prévoit que toutes les universités françaises seront autonomes à l'horizon 2012. 18 universités le sont déjà depuis le 1er janvier 2009, 33 autres accèderont à l'autonomie le 1er janvier 2010, soit 51 universités autonomes ce qui représente plus de 60% des universités françaises.
« L'autonomie n'est pas une fin en soi, c'est un moyen de refonder l'université française autour de trois maîtres mots : la réussite, pour les étudiants ; l'excellence, pour les enseignants-chercheurs ; l'innovation, pour la société française dans son ensemble »
Valérie Pécresse, discours devant le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche (15 juillet 2009).

Bâtir un projet d'établissement, faire des choix stratégiques de recherche et de formation, mener une véritable politique de recrutement, gérer un budget global, assurer une nouvelle mission d'orientation et d'insertion professionnelle des étudiants, assumer une nouvelle liberté et en prendre toutes les responsabilités afférentes : c'est ce qui est proposé aux universités avec la loi de 2007 sur les libertés et responsabilités des universités.
Cette loi constitue le socle de la réforme de l'enseignement supérieur avec pour objectif de donner aux universités les moyens et la liberté indispensables pour être plus réactives dans la compétition mondiale de la connaissance.
Il s'agit d'améliorer les conditions de vie et de travail de l'ensemble de la communauté universitaire, de renforcer les formations pour une meilleure réussite des étudiants et de développer l'attractivité des métiers de l'enseignement supérieur et de la recherche.
L'autonomie des universités s'accompagne d'un engagement financier inédit de l'Etat : 50 % d'augmentation du budget de l'enseignement supérieur sur 5 ans, soit au total 15 milliards d'euros de crédits publics supplémentaires pour les universités.
Aix-Marseille 2, Cergy-Pontoise, Clermont-Ferrand 1, Corte, La Rochelle, Limoges, Lyon 1, Marne-la-Vallée, Montpellier 1, Mulhouse, Nancy 1, Paris 5, Paris 6, Paris 7, Saint-Etienne, Strasbourg, Toulouse 1, Troyes.
Aix-Marseille 1 ; Aix-Marseille 3 ; Angers ; Avignon ; Besançon ; Bordeaux 1 ; Bordeaux 2 ; Brest ; Clermont-Ferrand 2 ; Compiègne ; Dijon ; Grenoble 1 ; Lille 2 ; Littoral ; Lorient ; Lyon 3 ; Metz ; Montbéliard ; Montpellier 2 ; Nantes ; Nice ; Paris 2 ; Paris 11 ; Paris 12 ; Paris 13 ; Pau ; Poitiers ; Rennes 1 ; Rennes 2 ; Toulouse 3 ; Tours ; Valenciennes ; Versailles-Saint-Quentin.
A ces 33 universités, s'ajoutent 6 établissements d'enseignement supérieur : Ecole normale supérieure d'Ulm, Ecole normale supérieure de Lyon, Ecole normale supérieure Lettres et sciences humaines de Lyon, l'Institut national polytechnique de Grenoble, l'Institut national polytechnique de Lorraine et l'Institut national polytechnique de Toulouse ;
Amiens ; Arras ; Antilles-Guyane ; Caen, Chambéry ; Grenoble 2 ; Lille 1 ; Lille 3 ; Lyon 2 ; Nîmes ; Orléans ; Paris 1 ; Paris 3 ; Polynésie française ; Reims ; Réunion ; Rouen ; Toulon ; Toulouse 2.
A la rentrée universitaire 2009, 20 universités ont déjà créé une fondation (le décret instituant les fondations est paru en avril 2008). Près d'une trentaine d'autres fondations sont en cours de constitution. Au total, elles ont levé près de 60 millions d'euros.
Dossier de presse de rentrée 2009 : les universités et l'autonomie (17 septembre 2009)
Autonomie des universités : lancement de la 3e vague d'audits (27 juillet 2009)
51 universités autonomes au 1er janvier 2010 (10 juillet 2009)
Des compétences élargies pour les universités autonomes
Réforme de l'allocation des moyens des universités - site du Premier ministre (3 décembre 2008)
L'accompagnement des universités par l'Etat
L'Etat accompagne l'autonomie (discours de Valérie Pécresse du 4 avril 2008)
La loi sur l'autonomie : première brique de la nouvelle université (24 mai 2007)