Dans certains domaines clés, il faut décloisonner, renforcer la coordination des travaux et rapprocher les différents acteurs de la recherche : c'est la vocation des Alliances. La France dispose désormais de cinq Alliances dans les domaines des sciences de la vie et de la santé, de l'énergie, des sciences et technologies de l'information, de l'environnement, et des sciences humaines et sociales...