Covid-19 : la recherche française mobilisée

Surveillance des traces du virus Sars-CoV-2, agent de la Covid-19, dans les eaux usées : état d'avancement du déploiement du réseau sentinelle à l'échelle nationale

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Le projet d'Observatoire épidémiologique dans les eaux usées (Obépine), lancé en juillet, vise à réaliser un suivi en temps réel des traces du virus Sars-Cov-2 dans les eaux usées sur tout le territoire national afin d'anticiper les évolutions de la pandémie et de caractériser les populations sources de virus pour orienter les politiques publiques. Depuis juin, le ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation a consacré près 3 millions d'euros au projet, pour lui permettre de réaliser ses missions.

Communiqué - Publication : 17.11.2020
Frédérique Vidal

Le réseau sentinelle national est en premier lieu un objet de recherche, qui pourra par la suite avoir une vocation opérationnelle. Il se distingue d'initiatives complémentaires plus locales, qui n'ont pas la même vocation.

Quatre protocoles de référence ont été établis afin de construire un réseau de laboratoires experts répartis sur le territoire national qui soit en mesure de produire des données parfaitement comparables. Sept laboratoires sont d'ores et déjà conventionnés par Obépine. Ils pourront prendre en charge près de 300 à 600 analyses par semaine.

Pour améliorer la qualité de l'information des prélèvements qui sont pour l'instant réalisés selon un rythme bi-hebdomadaire, l'utilisation de capteurs passifs, recueillant les particules virales sur des périodes longues, est expérimentée sur l'Ile d'Yeu, territoire insulaire qui a déjà permis de montrer en juillet tout l'intérêt de la démarche en alertant sur la présence de porteurs asymptomatiques.

A la demande de la ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, Frédérique Vidal, ce sont 158 stations d'épuration qui ont été sélectionnées sur près de 30 critères différents afin d'obtenir un maillage territorial significatif. À l'heure actuelle, Obépine a reçu les accords de nombreuses collectivités pour mettre ces stations d'épuration, dont elles ont la charge, sous surveillance.

Le projet Obépine vise à valider l'approche innovante que constitue un réseau national de surveillance des eaux usées et à qualifier la valeur prédictive de la détection du virus dans les eaux usées pour éclairer les mesures sanitaires.

Au vu des premiers résultats, l'analyse des eaux usées apparait comme un outil macro-épidémiologique complémentaire des autres indicateurs et sa modélisation mathématique pourrait permettre une détection très précoce. Le suivi réalisé depuis le 5 mars dernier, notamment sur les stations d'épuration d'Ile-de-France, a permis à la fois de confirmer le caractère prédictif de cette mesure de génome viral dans les eaux usées - notamment à l'occasion de la seconde vague - et l'intérêt de ce nouvel indicateur pour évaluer l'impact de certaines mesures, comme le premier confinement ou le couvre-feu.

Covid 19 - Données sanitaires et stations

En rouge, dynamique de la concentration en génome viral moyen sur l'ensemble de la région Ile-de-France. En bleu, évolution moyenne du nombre de patients testés postivement par qPCR dans la même région. ©Obépine

Corréler les concentrations en génome viral des eaux usées avec les données épidémiologiques en lien étroit avec Santé Publique France, prendre en compte la réalité de l'excrétion par les patients symptomatiques et non-symptomatiques et les flux de population, pour en déduire des modèles mathématiques robustes et informatifs, c'est toute l'ambition de ce projet scientifique qui s'inscrit dans une dynamique européenne.

Au-delà de la présence de traces du virus dans les eaux usées, le projet s'est attaché à évaluer le risque infectieux, de l'individu jusqu'à l'environnement - des selles de patients, aux eaux usées et aux boues des stations d'épuration. La surveillance des coquillages, organismes filtreurs, a été également rapidement mise en œuvre. Les premiers résultats de l'étude suggèrent une rapide inactivation du virus dans ces différents milieux.

Publication : 17.11.2020
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