En effet, suite au Pacte pour la Recherche et à la loi sur l'autonomie, il était nécessaire de repenser les relations du ministère avec les établissements d'enseignement supérieur et de recherche en étant  stratège, innovant et transparent. Stratège pour anticiper et proposer des initiatives d'évolution de notre système et de nos priorités scientifiques. Innovant en privilégiant une approche transversale de l'enseignement supérieur et de la recherche avec l'université au cœur du système. Transparent, en clarifiant les règles d'allocation des moyens et les règles du jeu de la contractualisation avec les établissements d'enseignement supérieur.

Cette organisation s'appuiera sur deux grandes directions générales aux périmètres redéfinis:

• la direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle (DGESIP), tournée vers les établissements d'enseignement supérieur, est en charge de  piloter la politique d'enseignement supérieur (orientations stratégiques nationales et référentiels de la formation initiale et continue, contractualisation avec les établissements d'enseignement supérieur, orientation et insertion professionnelle, vie étudiante) ; 
• la direction générale pour la recherche et l'innovation (DGRI), orientée vers les organismes de recherche et les entreprises, aura pour mission d'élaborer la stratégie nationale en matière de recherche et d'innovation, et d'en assurer la cohérence et la qualité.

Enfin, pour améliorer la transversalité entre ces deux directions, des missions sont mutualisées au sein de trois services communs:  

• un service Coordination stratégique et territoires, destiné à veiller à l'intégration des stratégies nationales dans les grands sites universitaires et scientifiques ; 
• un service Grands projets immobiliers, en charge notamment du suivi de la mise en œuvre de l'Opération Campus ;
• une sous-direction Systèmes d'information et études statistiques.
  

Le décret et les arrêtés portant sur l'organisation du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche ont été publiés aujourd'hui au Journal officiel.