L'université bénéficie également d'opérations immobilières de grande ampleur grâce au contrat de projet Etat-région avec un financement de 23 millions d'euros (Etat et collectivités) sur la période 2007-2013.
L'université bénéficie en 2009 d'une augmentation inédite de ses moyens de fonctionnement et d'investissement.
En 2009, les crédits de l'université progressent de manière exceptionnelle grâce au nouveau modèle d'allocation des moyens, au plan licence, au chantier carrières et au bonus contractuel.
Les crédits d'investissement, hors ceux réservés aux opérations CAMPUS et CPER, augmentent également de façon significative en 2009.
Il permet d'accélérer les opérations du contrat de projet Etat-région. Des moyens sont notamment prévus pour le lancement des travaux de construction de l'institut national de l'énergie solaire (coût de l'opération 5 M€ dont 1,7 M€ financés par l'Etat) et la réalisation de la maison de la mécatronique à Annecy (coût de l'opération 6,5 M€ dont 2,3 M€ financés par l'Etat).