Dans le cadre du programme investissements d'avenir, chaque établissement peut se porter candidat aux appels projets.
Pour les premiers appels à projets qui seront lancés – équipements d’excellence, laboratoires d’excellence, santé-biotechnologies –, tous les directeurs de laboratoire sont concernés et doivent être mobilisés.
Les autres actions du programme, qui ont pour ambition de structurer le paysage de l’enseignement supérieur et de la recherche, en plaçant les pôles universitaires au cœur du dispositif, relèvent nécessairement d’une coopération avec d’autres établissements, dans le prolongement des coopérations amorcées au sein des pôles de recherche et d’enseignement supérieur :
Les investissements d'avenir en matière de recherche concernent aussi le domaine spatial (1 milliard d'euros), le domaine aéronautique (1,5 milliard d'euros), le nucléaire de demain (1 milliard d'euros) et les énergies décarbonées (1 milliard d'euros).
Les «règles du jeu» de chaque appel à projets seront données par les cahiers des charges. Les équipes du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche seront à la disposition des responsables des établissements pour répondre à leurs questions.
Une évaluation des appels à projets «enseignement supérieur – recherche» sera confiée à des jurys internationaux. Le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche sera donc en mesure de dialoguer avec les établissements qui le souhaitent, afin de les aider à préparer les meilleurs projets possibles au jury.