Les missions principales du service du haut fonctionnaire de défense et de sécurité (H.F.D.S.) du MEN et du M.E.S.R.., résultent des orientations du Livre blanc sur la défense et la sécurité nationale et des articles R1143-1 à R1143-8 du code de la défense qui chargent les H.F.D.S. d'animer et coordonner, au sein du département dont ils relèvent, la politique en matière de défense, de vigilance, de prévention de crise et de situation d'urgence et de contrôler la préparation des mesures d'application.