Le label Carnot, créé en 2006, est un label d'excellence décerné par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche à des établissements de recherche en France. Donné initialement pour 4 ans (pour 5 ans aujourd'hui), il est destiné à favoriser la recherche partenariale, c'est-à-dire la conduite de travaux de recherche menés par des laboratoires publics en partenariat avec des acteurs socio-économiques, notamment avec des entreprises. Le dispositif Carnot s'inspire du modèle des instituts Fraunhofer allemands.
Les établissements labéllisés, appelés Instituts Carnot, reçoivent des financements (en provenance de l'A.N.R.), calculés en fonction du volume des recettes tirées des contrats de recherche avec leurs partenaires, notamment les entreprises. Les instituts sont fédérés au sein d'un réseau qui est animé par l'Association des instituts Carnot.

Bilan de la première phase du dispositif Carnot lancée en 2006

• 33 instituts représentant 17 000 personnels de recherche, 1 500 millions d'euros de budget annuel et 230 millions d'euros de recettes contractuelles avec les entreprises ont bénéficié d'un soutien annuel d'environ 60 millions d'euros fondé sur leurs performances en matière de recherche contractuelle.
• Les revenus issus de la recherche contractuelle du réseau des instituts Carnot ont augmenté de plus de 30 % en 4 ans.

34 laboratoires de recherche labellisés Carnot 2 en 2011

34 laboratoires de recherche ont été retenus, en avril 2011) à l'issue de l'appel à candidatures instituts Carnot 2 lancé fin 2010. Dotés d'environ 60 millions d'euros par an, . ces 34 instituts Carnot comprennent 10 nouveaux laboratoires et sont labellisés pour une durée de 5 ans contre 4 pour la première vague.
Les instituts Carnot 2 tiennent compte de l'évaluation des 33 premiers instituts et couvrent de nouvelles thématiques (santé, nutrition, etc.), en lien avec la stratégie nationale de recherche et d'innovation.

Les nouveaux instituts couvrent la très grande majorité du territoire et concernent près de 25 000 chercheurs. Ils représentent un budget de recherche consolidé de 1,9 milliard d'euros et près de 350 millions d'euros de recettes partenariales dont 60 millions d'euros avec des P.M.E.

Le dispositif est consolidé par un fonds de 500 millions d'euros dans le cadre du programme des  "Investissements d'avenir", réservé aux Instituts nouvellement labellisés. C'est dans ce cadre qu'ont été lancés, en mars 2011, 2 appels à projets destinés à renforcer les liens des instituts carnot avec les P.M.E. et leur développement à l'international. Les quatre projets sélectionnés en février 2012 impliquent 13 instituts Carnot qui bénéficieront d'une dotation complémentaire de 31 millions d'euros sur 5 ans.