

En 10 ans, de 1999 à 2008 inclus, 2.316 projets d'entreprise ont été accueillis dans les incubateurs et 1.446 entreprises ont été créées dont 84% sont encore en activité.
L'objectif des «incubateurs d'entreprises» liés à la recherche publique est de favoriser la création d'entreprises innovantes à partir des résultats de la recherche publique ou en liaison avec la recherche publique.
Un incubateur d'entreprises est un lieu d'accueil et d'accompagnement de porteurs de projet de création d'entreprise : il offre à ces derniers un appui en matière de formation, de conseils et de recherche de financements.
La spécificité des incubateurs soutenus par le ministère chargé de la recherche est que ces incubateurs accueillent en priorité des projets d'entreprise innovante issus ou liés à la recherche publique, et qu'ils sont situés dans ou à proximité d'un site scientifique afin de maintenir des relations étroites avec les laboratoires. Ils ont été créés principalement par les établissements d'enseignement supérieur et de recherche (EPSCP et EPST) dans le cadre des dispositions de la loi sur l'innovation et la recherche de 1999.
Un appel à projets «Incubation et capital-amorçage des entreprises technologiques» a été lancé le 24 mars 1999 par le ministère chargé de la recherche et le ministère de l'économie, des finances et de l'industrie, principalement en direction des établissements d'enseignement supérieur et de recherche.
31 projets d'incubateur ont été sélectionnés entre juillet 1999 et décembre 2000 et se sont mis en place entre fin 1999 et avril 2002 pour le dernier. Ils se sont engagés à l'origine à accompagner 865 projets de création d'entreprise sur une période de trois ans.
Sur ces 31 structures, un incubateur a cessé son activité fin 2002 après 3 ans (Science Pratique en Ile-de-France), deux incubateurs ont fusionné fin 2004 (IFSI et IDFI en Ile-de-France, devenu «Incuballiance»), 29 incubateurs sont donc en activité à fin 2006.
Ces 29 incubateurs sont répartis sur l'ensemble du territoire : un incubateur par région, sauf exception dans les régions à fort potentiel de recherche et de formation supérieure, telles que l'Ile-de-France (3), le Nord-Pas-de-Calais (2), Provence-Alpes-Côte-d'Azur (3) et Rhône-Alpes (2). Leur liste est consultable sous format pdf : liste des incubateurs.
En 2003, le ministère a fait procéder à une évaluation du mode d'organisation et de fonctionnement des incubateurs, à partir de leur bilan d'activité à mi-parcours (à fin 2002) ; les résultats de l'évaluation ont été, selon les incubateurs, satisfaisants ou très satisfaisants, satisfaisants avec des améliorations à mettre en œuvre ; pour certains, un point critique d'organisation structurelle a été identifié, indépendamment de la qualité du bilan d'activité.
En fonction des résultats de cette évaluation et sur la base d'un plan d'action pour la période 2004-2006 validé préalablement, le ministère a renouvelé son soutien financier aux incubateurs à partir de 2004 avec pour objectif global l'entrée en incubation de 776 nouveaux projets sur cette période.
En 2006, le ministère a fait procéder à un audit global du dispositif d'incubation et demandé à l'ANR de poursuivre le financement pour une nouvelles période de 3 ans (2007-2009) avec un objectif global de 770 projets à incuber, en demandant aux incubateurs de faire porter leurs efforts sur l'accompagnement de projets à fort potentiel de développement.
Etat : la subvention du ministère de la recherche est destinée principalement à financer les prestations tertiaires d'accompagnement des projets ; elle correspond au plus à 50% des dépenses d'incubation, dans la limite du montant attribué à chaque incubateur. À cela s'ajoutent les moyens des laboratoires publics mis à la disposition des porteurs de projet par les établissements d'enseignement supérieur et de recherche.
Autres financements : ils proviennent principalement des collectivités territoriales et de l'Europe (Fonds social européen).
Budget du ministère de la recherche :
En 7 ans, de 2000 à 2006, 1.732 projets d'entreprise ont été accueillis dans les incubateurs et 1.050 entreprises ont été créées dont 901 sont encore en activité (taux de survie 86%).
45% des entreprises sont issues de la recherche publique, 50% sont liées à la recherche publique par des contrats de partenariat et 5% sont issues de la recherche privée.
Le secteur des sciences de la vie / biotechnologies reste prédominant (35%), suivi des technologies de l'information et de la communication (32%), des sciences de l'ingénieur (29%) et des sciences humaines et sociales / services (4%).
Les effectifs globaux des 901 entreprises en activité sont estimés à environ 4 200 emplois (en équivalent temps plein) au 31 décembre 2006, soit en près de 5 emplois par entreprise. Il s'agit d'une moyenne, les effectifs augmentant avec l'ancienneté des entreprises.