Cet appel à projets, doté de 7,7 Mds €, doit permettre de faire émerger en France 5 à 10 pôles pluridisciplinaires d'excellence d'enseignement supérieur et de recherche de rang mondial, capables de rivaliser avec les plus grandes universités du monde comme  Harvard, Princeton ou Cambridge.

Les candidatures, seront évaluées par un jury international. Elles devront faire la démonstration de leurs forces actuelles, mais également de leur niveau d'ambition pour l'avenir, et de leur capacité à mettre en œuvre leur stratégie.

Aussi, le potentiel de chaque projet d'Initiative d'excellence sera apprécié au regard des résultats obtenus par les établissements du site aux autres appels à projets des investissements d'avenir (notamment équipements d'excellence, laboratoires d'excellence, instituts de recherche technologique, société d'accélération du transfert de technologie). Les labels préalablement obtenus seront autant d'atouts en vue de la sélection finale.

• La sélection  des projets s'articulera autour de quatre critères principaux :
  L'excellence en matière de formation : des formations innovantes de tout niveau (licence, master, doctorat) proposées par les établissements porteurs du projet (universités, Grandes Ecoles, Ecoles doctorales);
• L'excellence en matière de recherche : équipements d'excellence, laboratoires d'excellence...
• L'intensité des partenariats avec l'environnement socio-économique [société d'accélération du transfert de technologie (SATT), Institut de recherche technologique (IRT, Institut thématique d'excellence en matière d'énergies décarbonées (IEED)]  et au niveau international;
• La capacité de la gouvernance à incarner efficacement  la stratégie du projet

Après une phase de pré-sélection sur la base d'un pré-projet, les premières initiatives d'excellence seront sélectionnées à l'été 2011.