Infrastructures de recherche : Biologie et Santé

Infrastructure Française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation, à la formation et au transfert de technologie-MetaboHUB

Metabohub© L. Lizet

MetaboHUB fournit des services en métabolomique et fluxomique : équipements, compétences, ressources informatiques aux équipes académiques et industriels pour la nutrition, la santé, l'agriculture,  l'environnement et les biotechnologies. MetaboHUB positionne la France parmi les leaders européens.

Article - 8.02.2016

Présentation

MetaboHUB est une fédération de 4 plateformes labellisées IBiSA, certifiées ISO 9001 sous la tutelle administrative de l'INRA et du CEA:

  • Bordeaux (INRA, CNRS et Univ. Bordeaux)
  • Clermont-Ferrand (INRA, CNRS, Univ. Blaise Pascal)
  • Toulouse, (Univ. Paul Sabatier, INSA, INRA, CNRS, INSERM)
  • Paris-Saclay, (CEA, CNRS, Univ. Paris XI)

Les plateformes de Bordeaux, Toulouse et Clermont sont stratégiques pour l'INRA.

L'objectif de MetaboHUB est de construire une infrastructure nationale ouverte et d'intégrer le réseau des grandes infrastructures européennes.

De 2013 à 2016, MetaboHUB développe des outils, des services web et des bases de données nécessaires à la métabolomique et à la fluxomique. A partir de 2017, l'infrastructure fournira aux partenaires académiques et privés les méthodes d'analyse standardisées (site web), une base de données spectrales (PeakForest) intégrée à un écosystème d'outils pour l'exploration des données (W4M) et les moyens informatiques pour reconstruire les réseaux métaboliques (MetExplore). 

Les technologies développées (RMN, LC-MS, GC-MS, statistique, bioinformatique) permettent le phénotypage biochimique à haut débit de grands ensembles d'échantillons et l'analyse du métabolome (liquides biologiques de cohortes humaines, extraits de plantes, d'animaux, de micro-organismes, etc.) et les mesures de flux métaboliques à haut débit chez les cellules procaryotes et eucaryotes.

Mots clés

Metabolomique, fluxomique, microbiologie, biologie des plantes, environnement, biotechnologie, santé, nutrition, développement durable

Données

Estimation des flux de données 

A court terme : 8.2 To

A moyen terme : 18 To

Stockage

Les données brutes (spectres de masse et RMN) sont stockées au niveau de chaque plateforme (volume allant de 10 To à 40 To par PF). Lorsque ces données ne sont plus confidentielles, elles sont déposées dans l'entrepôt européen MetaboLights.

Accessibilité 

Données accessibles dans dans le cadre de l'accord de consortium.

MetaboHUB va fournir un cadre commun d'outils bio-informatiques pour la gestion et l'analyse des données de métabolomique et fluxomique : « Workflow4Metabolomics.org », interface avec « MetExplore » et mise en place des bases de données spectrales « PeakForest » ou des bases de données de ce type. Un service pour accéder aux données  est prévu. Une négociation est en cours pour accéder aux serveurs de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) pour pouvoir stocker les données.

Appartenance à des réseaux 

La ressource de calcul Workflow4Metabolomics est développée conjointement par MetaboHUB et l'IFB et hébergée par ce dernier (plateforme ABiMS, Roscoff). Ouverture de "data center" INRIA de Toulouse pour la centralisation, le stockage et la sauvegarde des données et l'hebergement de ressources de calculs (serveurs applicatifs, serveurs web et serveurs de bases de données).

1ère publication : 8.02.2016 - Mise à jour : 5.04.2016
Matabohub logo
  • Type de l'infrastructure : IR
  • Localisation (siège) : Bordeaux
  • Autres sites : Clermont-Ferrand, Toulouse, Saclay
  • Partenaires : INRA, CEA, CNRS, INSERM, INSA Toulouse, UPB, Univ. Bordeaux, UPS, UPMC
  • Responsable de l'infrastructure : Dominique Rolin

Dates Clés

Création : 2013

Exploitation : 2017

Site Internet

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