Le secteur de l'enseignement supérieur et de la recherche a été pensé, dès le début des années 2000, à l'échelle de la Bourgogne-Franche-Comté avec notamment :
- la signature en mars 2007 de la convention de PRES (Pôle de Recherche et d'Enseignement Supérieur) qui associait les deux universités pluridisciplinaires de Bourgogne et de Franche-Comté ;
- le vote des statuts de l'université Fédérale Bourgogne-Franche-Comté en février 2010 qui associait, outre les universités de Bourgogne et de Franche-Comté, les écoles AgroSup Dijon et l'ENSMM, avant la création en décembre 2010 du PRES sous forme d'une Fondation de Coopération Scientifique qui rassemble une trentaine de partenaires ;
- l'écriture, amorcée dès 2014, d'une fiche Bourgogne-Franche-Comté, spécifique au secteur de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation : du Contrat de Plan Etat-Région 2015-2020 ;
- la finalisation, à l'été 2015, par les deux Conseils régionaux de Bourgogne et Franche-Comté d'un Schéma Régional pour l'Enseignement Supérieur, la Recherche et l'Innovation commun :
- le montage, la même année, du projet ISITE Bourgogne-Franche-Comté :
en réponse à l'appel à projets lancé par l'Etat dans le cadre du Programme des Investissements d'Avenir. Ce projet a été retenu par le jury international au début de l'année 2016 ; - finalisation du contrat de site 2017-2022 (avril 2017, avec les ministères MESRI et MAAF) ;
- coordination nationale par UBFC du programme "Fin de la vie et soins palliatifs" à la demande du MESRI (2017) ;
- UBFC lauréate en octobre 2017 aux appels à projets du PIA3 : E.U.R avec les projets EIPHI-BFC et N.C.U avec RITM-BFC, pour une meilleure intégration des trois cycles de formation universitaire ;
- intégration formelle de l'ENSAM, centre de Cluny, comme membre fondateur d'UBFC (décret du 14 février 2018) ;
- finalisation en 2018 d'un accord-cadre de partenariat avec le Conseil régional Bourgogne-Franche-Comté ;
- labellisation par le ministère MESRI du Data center Bourgogne-Franche-Comté (été 2018).
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