L'université bénéficie également d'opérations immobilières de grande ampleur grâce au contrat de projet Etat-région avec un financement de 54 millions d'euros (Etat et collectivités) sur la période 2007-2013.
L'université bénéficie en 2009 d'une augmentation inédite de ses moyens de fonctionnement et d'investissement.
En 2009, les crédits de l'université progressent de manière exceptionnelle grâce au nouveau modèle d'allocation des moyens, au plan licence, au chantier carrières, au bonus contractuel et à l'accompagnement du passage à l'autonomie.
Les crédits d'investissement, hors ceux réservés aux opérations CAMPUS et CPER, augmentent également de façon significative en 2009.
Il permet d'accélérer les opérations du contrat de projet Etat-région (CPER). Des moyens sont notamment prévus pour les travaux de reconstruction de l'Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Mulhouse (coût de l'opération 27,5 M€ dont 13,75 M€ pour l'Etat) et de construction du 6ème département de l'IUT de Colmar (coût de l'opération 3,6 M€ dont 0,4 M€ pour l'Etat).